A contratação de Rogério Ceni como técnico do São Paulo foi a grande atração do início do ano. As novas ideias e o estilo de jogo ofensivo da equipe do ex-goleiro renderam um futebol goleador até o mata-mata do Paulistão. O time terminou a primeira fase do estadual com o melhor ataque: 25 gols em 12 partidas. Antes, o Tricolor foi campeão do Torneio da Flórida diante do rival Corinthians, na disputa de pênaltis.

O São Paulo contratou 19 jogadores, divididos em blocos. Sidão, Cícero, Wellington Nem e Neilton foram algumas das caras novas na pré-temporada nos Estados Unidos. Depois o clube se reforçou com Jucilei, Lucas Pratto, Marcinho, Morato, Edimar e Thomaz. No meio do ano mais reforços: Jonatan Gomez, Maicosuel, Aderllan, Denilson, Arboleda, Petros, Marcos Guilherme, Bruno Alves e Hernanes.

Dentre eles, quatro deixaram o clube (Marcinho, Denilson, Neilton e Cícero), cinco terminaram o ano como reservas (Maicosuel, Thomaz, Gomez, Aderllan e Bruno Alves), dois se lesionaram gravemente (Morato e Wellington Nem) e oito encerraram a temporada como titulares de Dorival Júnior (Sidão, Edimar, Arboleda, Petros, Jucilei, Hernanes, Marcos Guilherme e Lucas Pratto).

O gesto de fair play de Rodrigo Caio na semifinal do Paulistão entre São Paulo e Corinthians dominou as manchetes. Após o árbitro juiz Luiz Flávio de Oliveira ter dado um cartão amarelo para Jô por causa de um pisão em Renan Ribeiro, ele foi avisado por Rodrigo Caio, verdadeiro autor do choque involuntário no goleiro, de que a punição tinha sido injusta.

Então, o árbitro voltou atrás na aplicação do cartão, que seria o terceiro amarelo de Jô e tiraria o atacante no jogo de volta das semifinais. Irritado com a derrota por 2 a 0 no intervalo do jogo (também o placar final da partida), Ceni deu uma bronca geral no elenco no vestiário e repreendeu Rodrigo pelo gesto de fair play. O acesso de raiva do então técnico também teve uma prancheta arremessada que involuntariamente acertou Cícero.

A queda para o Corinthians seria a primeira frustração do são-paulino no ano. Eliminado na semifinal do Paulistão, o Tricolor também caiu na quarta fase da Copa do Brasil, para o Cruzeiro, e na primeira fase da Sul-Americana, diante do Defensa y Justicia, da Argentina. Detalhe: os hermanos disputavam a primeira competição internacional da sua história.

A tripla eliminação e o início oscilante no Brasileirão custaram o cargo de Rogério Ceni. A derrota por 2 a 0 para o Flamengo, no dia 2 de julho, foi a última do ídolo à frente do clube. Àquela altura, o Tricolor somava seis jogos sem vencer. Após Pintado comandar o time interinamente, Dorival Júnior assumiu o comando da equipe. No total, o jejum de vitórias chegou a nove partidas.

Das 19 contratações para 2017, a mais surpreendente foi a de Hernanes. O São Paulo anunciou o empréstimo do jogador, cujo contrato tem uma cláusula que permite ao Hebei Fortune, da China, pedir sua volta agora. Desde a sua estreia, no dia 29 de julho, contra o Botafogo, o Profeta fez 19 partidas e nove gols. Foi o artilheiro da equipe no Brasileirão e ajudou de forma fundamental na fuga contra o rebaixamento.

O São Paulo chegou a ser 19º colocado do Brasileirão e ficou no total 14 rodadas dentro do Z-4. O sofrimento acabou por completo após o empate sem gols com o Botafogo, no dia 19 de novembro. No fim, o time terminou a competição na 13ª posição, com 50 pontos, sete a mais do que o Coritiba, primeiro time rebaixado.

Logo depois do fim do Brasileirão uma notícia caiu como uma bomba no São Paulo: o então diretor executivo Vinicius Pinotti pediu demissão do cargo por divergências com o presidente Carlos Augusto de Barros e Silva, o Leco. Um dia depois, o ídolo e ex-jogador Raí foi confirmado como seu substituto. Ele deixou a cadeira de membro do Conselho de Administração para assumir a função.